专项实验室
政府中药检测中心致力提倡以多学科鉴别手段来识别中药材，因此政府中药检测中心内设有多个高科技及具国际水平的实验室，可以开展中药的高端科技研究及制订检测方法。日后，盼能将之转移予公众、中药业界及检测业界参考及使用，以加强他们对中药的品质控制及鉴别能力。
性状鉴别实验室
性状鉴别实验室按功能可划分为收样室、称量室、样品暂存室、样品处理室及性状鉴别实验室，并配置了高解像度的数码相机和专业的摄影灯光设备，所拍摄的清晰图像不仅能准确记录样品的性状特征，亦有助性状鉴别技术的教学与传播。性状鉴别实验室亦负责开发和建立「微性状鉴别」的标准和知识库，透过体视显微镜放大样品上肉眼不易察觉或未能看清的细微性状特征，为中药材样品的鉴定提供更多可靠依据。
显微鉴别实验室
显微实验室除了订立常规的显微鉴别标准，亦建立了「简易粉末显微鉴定法」，为性状特征较少且相近的皮类中药饮片提供了一套简单而准确的鉴定方法，并且只需配合便携式显微镜及简单工具，便可广泛于实地应用。
高端生药实验室
检测中心积极将新型仪器和现代技术应用于传统的鉴定方法上，实现传统技术与现代科技的结合。高端生药实验室设有电子鼻分析室、电子舌分析室、色彩及色度分析室、电脑辅助鉴别室，并配备先进的电子感官分析仪器，能够全面支持中药材的高端分析。通过把这些先进仪器应用于中药上，可进一步推进中药鉴别及质量控制的现代化和标准化建设。
化学实验室
四极杆离子阱串联质谱仪
四极杆飞行时间质谱仪
化學實驗室配備多元化的分析儀器，運用高端化學分析技術，對中藥的化學指標成分進行定性和定量分析。實驗室以化學分析作為中藥鑒別的補充方法，並致力於開發通用、實用的檢測方法，旨在將成果惠及業界，加強中成藥質量控制能力。
脱氧核糖核酸（DNA）实验室
DNA提取工作站
DNADNA测序仪
(桑格测序)
(桑格测序)
随着生物技术的进步及其全球应用，DNA实验室配备多元化的仪器以进行全面的DNA分析。除了开发用于中药鉴别的互补检测方法外，DNA实验室亦利用DNA技术加强中药材和基原植物或基原动物之间的遗传可溯源性，以确保中药的质量和安全。