專項實驗室
政府中藥檢測中心致力提倡以多學科鑒別手段來識別中藥材，因此政府中藥檢測中心內設有多個高科技及具國際水平的實驗室，可以開展中藥的高端科技研究及制訂檢測方法。日後，盼能將之轉移予公眾、中藥業界及檢測業界參考及使用，以加強他們對中藥的品質控制及鑒別能力。
性狀鑒別實驗室
性狀鑒別實驗室按功能可劃分為收樣室、稱量室、樣品暫存室、樣品處理室及性狀鑒別實驗室，並配置了高解像度的數碼相機和專業的攝影燈光設備，所拍攝的清晰圖像不僅能準確記錄樣品的性狀特徵，亦有助性狀鑒別技術的教學與傳播。性狀鑒別實驗室亦負責開發和建立「微性狀鑒別」的標準和知識庫，透過體視顯微鏡放大樣品上肉眼不易察覺或未能看清的細微性狀特徵，為中藥材樣品的鑒定提供更多可靠依據。
顯微鑒別實驗室
顯微實驗室除了訂立常規的顯微鑒別標準，亦建立了「簡易粉末顯微鑒定法」，為性狀特徵較少且相近的皮類中藥飲片提供了一套簡單而準確的鑒定方法，並且只需配合便攜式顯微鏡及簡單工具，便可廣泛於實地應用。
高端生藥實驗室
檢測中心積極將新型儀器和現代技術應用於傳統的鑒定方法上，實現傳統技術與現代科技的結合。高端生藥實驗室設有電子鼻分析室、電子舌分析室、色彩及色度分析室、電腦輔助鑒別室，並配備先進的電子感官分析儀器，能夠全面支持中藥材的高端分析。通過把這些先進儀器應用於中藥上，可進一步推進中藥鑒別及質量控制的現代化和標準化建設。
化學實驗室
四極桿離子阱串聯質譜儀
四極桿飛行時間質譜儀
化學實驗室配備多元化的分析儀器，運用高端化學分析技術，對中藥的化學指標成分進行定性和定量分析。實驗室以化學分析作為中藥鑒別的補充方法，並致力於開發通用、實用的檢測方法，旨在將成果惠及業界，加強中成藥質量控制能力。
脫氧核糖核酸（DNA）實驗室
DNA提取工作站
DNA測序儀
(桑格測序)
(桑格測序)
隨着生物技術的進步及其全球應用，DNA實驗室配備多元化的儀器以進行全面的DNA分析。除了開發用於中藥鑒別的互補檢測方法外，DNA實驗室亦利用DNA技術加強中藥材和基原植物或基原動物之間的遺傳可溯源性，以確保中藥的質量和安全。